Svart Storm tar vid där Svart Kod slutade. Carl Leonard och Elisif Fridriksdottir gick skilda vägar efter att de konfronterat skaparen av superviruset. Nu lever Carl Leonard ensam, nedkopplad på nytt, i vildmarken i de Jämtländska skogarna. Han är olycklig och kan inte låta bli att fundera över hur det har gått för Elisif. Han vet att hon forskar på den svarta koden och försöker hitta ett sätt att stoppa koden från att i framtiden stänga ner hela världens digitala infrastruktur.
Det dröjer dock inte länge innan Haldur, Elisifs bror, dyker upp och berättar att Elisif är försvunnen. Hon har hittat hur koden gömmer sig och samtidigt upptäckt något värre. Hon har skickat en film till Haldur och när Carl och Elisifs bror tittar på filmen tillsammans berättar hon att mänskligheten kommer att förgöras i en svart storm. De måste stoppa den svarta stormen, men de har en ännu mäktigare fiende emot sig än vad någon av dem kunde föreställa sig.